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Ähnlich wie Carl Ludwig fand Schönlein etwas unfreiwillig nach Zürich. Die Julirevolution von 1830 in Frankreich mobilisierte liberale Kräfte im Königreich Bayern und in anderen Ländern Deutschlands. In Würzburg, wo Schönlein die Professur für spezielle Pathologie und Therapie innehatte, erstarkten entsprechend burschenschaftliche Verbindungen. Schönlein pflegte regelmässigen kontakt zu freisinnigen Figuren und vertrat auch selbst eine dezidiert liberale Gesinnung, allerdings "war [er] nie aus seiner Zurückgezogen hervorgetreten", wie sich Virchow erinnerte. Die Würzburger Regierung reagierte und sperrte einige Figuren aus Schönleins Umfeld ein, entliess Professoren und plante, Schönlein als "Kreis-Medicinalrath" nach Passau strafzuversetzen.
Von der Strafversetzung bedroht begann Schönleins mit den Verhandlungen mit der neugegründeten Universität Zürich. Als aber Schönlein mit einem befreundeten Politiker am 3. April während des unter dem Namen Frankfurter Wachensturm berühmt gewordenen Revolutionsversuch in Frankfurt weilte, war das Mass voll. Schönlein sollte verhaftet werden. Er floh jedoch mit einem Boot aus Würzburg via Zell und Frankfurt nach Zürich. Schönlein bezeichnete die "folgende Zeit des ruhigen Familienlebens und des heiteren Naturgenusses als die glücklichste Zeit seines Lebens". Während der Zeit in Zürich lehnte Schönlein Rufe an deutsche Universitäten ab, doch nahm er schliesslich eine Stelle an der Universität Berlin an, wo er bis zu seinem Ruhestand blieb.